Un auto de fe en el pueblo de San Bartolomé Otzolotepec
 Museo Nacional de Arte.
 

     El volumen documental que generó la actividad administrativa del cabildo catedralicio de México se puede dividir en dos grandes apartados, a saber los papeles de la Secretaría Capitular y los de la Haceduria de Diezmos. El AHAM conserva gran parte del repositorio de esta última que estuvo bajo el resguardo de canónigos nombrados ex profeso como jueces hacedores. Las funciones de estos jueces fueron la supervisión de la recolección de diezmos y su distribución así como cuidar de la administración de otros ramos de ingresos (obras pías fundadas con capitales o donaciones de casas) y dependencias de la catedral, por ejemplo, la biblioteca. Distintos papeles de la administración catedralicia fueron reunidos en el repositorio de la Haceduría bajo la paradójica calidad de papeles viejos en bodega y memoria jurídica de la corporación.

     El segundo acervo documental que posee el AHAM es el de papeles generados por el Juzgado Eclesiástico de Toluca. La administración de las parroquias no sólo se constreñía a lo sacramental. También el orden y vigilancia de costumbres eran funciones de los jueces eclesiásticos. En algunas parroquias los curas de almas eran nombrados también jueces de cierta jurisdicción que en ocasiones abarcaba parroquias de menor feligresía y recursos. El caso de Toluca es particular: la parroquia, que escapo a los procesos de secularización de doctrinas, fue administrada por padres religiosos de la orden de San Francisco mientras que el juez eclesiástico siempre fue un clérigo secular nombrado por el arzobispo. Toluca posee otro tipo de peculiaridades, la dinámica demográfica del valle hizo que este juzgado tuviese una importancia mayor a la de otros juzgados eclesiásticos parroquiales. Incluso se le llegó a denominar curia eclesiástica de forma similar a la que rodeaba al arzobispo en la ciudad de México. La mayor parte de los documentos de este Fondo pertenecen al siglo XVIII y, ya en menor cantidad, a la primera mitad del siglo XIX. Al parecer estas judicaturas corporativas se encuentran bastante restringidas por leyes liberales y en franca desventaja frente similares seculares.

     El tercer fondo documental es el que propiamente pertenece a la gestión episcopal. Esta compuesto por los archivos de las distintas dependencias que conformaron la sagrada mitra, también conocida como curia o cámara de gobierno arzobispal. La conformación de las cámaras de gobierno varia entre las distintas diócesis. El gobierno del arzobispado de México descansó en una Secretaria arzobispal, un Provisorato o juzgado para seguir causas contra españoles y eclesiásticos, un Juzgado de Testamentos, Capellanías y Obras Pías y un Provisorato de Indios y Chinos. Gran parte de los archivos fueron extraídos por oficiales de la secretaria de hacienda una vez que Juárez pudo vencer a la facción conservadora y desamortizar de forma definitiva los bienes y capitales eclesiásticos.

La separación de Estado e Iglesia se había dado con el fin de terminar las responsabilidades del gobierno en la defensa del cobro del diezmo y sujetar a los ciudadanos a tribunales corporativos. Las curias disminuyen sus actividades ocupándose de los asuntos administrativos y legales indispensables hasta desaparecer dependencias y funcionar solo las secretarías arzobispales y el provisorato. El primer acervo episcopal con esta nueva fisonomía que conserva el AHAM es el de Pelagio Antonio de Labastida y Dávalos (1863-1891). Los archivos episcopales de los sucesores de Labastida y Dávalos se han conservado casi en su totalidad la del arzobispo Próspero María Alarcón y Sánchez de la Barquera (1892-1908), José Mora y del Río (1908-1928) y Pascual Díaz Barreto (1929-1936). Los investigadores pueden tener acceso a la consulta hasta el año de 1936, fecha del fallecimiento del arzobispo Díaz Barreto.
 

 
ara la consulta
Para la consulta de los acervos existen la Guía de documentos novohispanos del Archivo Histórico del Arzobispado de México 1532-1821, México, Arquidiócesis Primada de México, 2002, guían en prensa de papeles entre 1822-1861 y de Labastida y Dávalos 1862-1891 y guías parciales para os prelados Alarcón, Mora del Río y Díaz Barreto.